Berdasarkan sejarah pembentukannya, Kementerian Agama Republik Indonesia resmi dibentuk pada tanggal 3 Januari 1946 berdasarkan Penetapan Pemerintah Nomor 1/S.D/1946 pada masa Kabinet Sjahrir II. Pembentukan Kementerian Agama dilakukan untuk mengatur dan menyelenggarakan urusan keagamaan secara khusus sesuai amanat Pasal 29 UUD 1945.

Pada awal berdirinya, kantor pusat Kementerian Agama berada di Yogyakarta karena kondisi pemerintahan Indonesia saat itu masih berada dalam masa perjuangan kemerdekaan. Setelah ibu kota negara kembali ke Jakarta, pusat pemerintahan Kementerian Agama dipindahkan ke Jakarta dan kini berkedudukan di.

Jl. Lapangan Banteng Barat No. 3–4, Jakarta Pusat 10710, Indonesia.

Kementerian Agama Republik Indonesia juga mengalami perubahan nama kelembagaan, yaitu:

1. Kantor Kementerian Agama Republik Indonesia (1946)
2. Kantor Departemen Agama Republik Indonesia (era Orde Lama hingga Reformasi)
3. Kantor Kementerian Agama Republik Indonesia (sejak 2009 sampai sekarang)

Sejak berdiri tahun 1946, Kementerian Agama Republik Indonesia telah dipimpin oleh beberapa Menteri Agama, yaitu:

Kementerian Agama Republik Indonesia dibentuk dengan tujuan menjaga kerukunan umat beragama, menyelenggarakan pendidikan keagamaan, pelayanan ibadah haji, serta membina kehidupan beragama di Indonesia.